Juan de Mariana fue detenido en el mes de septiembre de 1609 y sometido a un proceso judicial que ha sido calificado como irregular, e incluso nulo, durante el cual permaneció ingresado en prisión.

Su detención, prisión y procesamiento respondieron a motivaciones claramente políticas por haberse atrevido a criticar los abusos y las prácticas económicas que consideró desacertadas durante el reinado de Felipe III.

Durante el procedimiento judicial al que fue sometido se infringieron las reglas esenciales del procedimiento, se le ocasionó indefensión, y se violaron sus derechos fundamentales. En cuanto al fondo del asunto, el análisis de su proceso permite constatar que de las pruebas practicadas no se pudo concluir que MARIANA hubiera cometido el delito de lesa Majestad que le había sido imputado por el Fiscal porque “no concurrieron las calidades necesarias” para formar la sustancia de ese delito. Pese a ello, los movimientos políticos dirigidos a conseguir su condena a toda costa fueron constantes, generando una situación de auténtico vodevil en el que las intrigas y maquinaciones fueron incesantes.